《深夜航班》第二季发生在第一季北京航班危机18个月后，伦敦希斯罗机场发现一名美国外交信使被杀，身上的外交徽章和证件被盗。 DS Hana Li（Jing Lusi饰）奉命调查，与美国大使馆安全主管Clay Brody（Martin Compston饰）合作，后者是她过去的同事，曾害她丢掉职位。 两人赶往大使馆参加新任美国大使的庆祝派对时，接到威胁电话：若有人离开大使馆，将炸毁一架英国政府飞机。使馆立即封锁，宾客与员工被困其中，谋杀接连发生，Hana与Brody必须搁置旧怨，在政治与司法噩梦中追查俄罗斯刺客Fox，揭开高风险国际阴谋。